Набор ДНК почвы HiPure

Обзор почвенных микроорганизмов:

1. Микробное разнообразие: Образцы почвы содержат огромное количество микроорганизмов., большинство из которых невозможно выращивать непосредственно для исследований..
2. Важность экстракции ДНК: Извлечение ДНК является важным методом изучения этих микроорганизмов в образцах почвы..

Методы выделения ДНК:

1. Прямой метод:
   • Процесс: Включает помещение образцов почвы непосредственно в лизирующий раствор и использование механических или химических методов для разрушения клеточных стенок., тем самым высвобождая микробную ДНК в раствор.
   • Техники: Включает революционные методы эффективного лизиса.; например, Метод Чжоу.
   • Преимущества: Максимизирует вероятность получения всего геномного контента. (метагеном) почвенных микроорганизмов.
2. Косвенный метод:
   • Процесс: Начинается с суспендирования почвы в буферном растворе. (например, Буфер PBS) для отделения микроорганизмов от частиц почвы перед экстракцией ДНК.
   • Преимущества: Снижает влияние ингибиторов, таких как гуминовые кислоты и соли тяжелых металлов, на процесс экстракции ДНК..
   • Недостатки: Может привести к потере многих микроорганизмов во время разделения., и обычно не восстанавливает полный метагеном.

Проблемы и соображения:

• Проблемы прямого метода: Хотя это и увеличивает шансы на получение полных геномов., этот метод может быть затруднен из-за присутствия в почве ингибиторов, таких как гуминовые вещества и тяжелые металлы..
• Ограничения косвенного метода: Меньше исследователей используют этот метод из-за его потенциальной возможности потерять микробное разнообразие и полноту геномной экстракции..

1. Загрязнение гуминовыми кислотами.Почва, особенно в лесах и лугах, богат гуминовыми кислотами. Гуминовая кислота представляет собой серию органических молекул., некоторые из них очень похожи на молекулы нуклеиновых кислот и их трудно удалить при очистке.. Следовые количества загрязнения гуминовыми кислотами могут привести к дальнейшим применениям, таким как ПЦР и нарушение ферментативного переваривания.
2. Метод лизиса.Образцы почвы содержат различные микроорганизмы., такие как бактерии и грибы. Грамположительные бактерии и грибы имеют очень толстые бактериальные стенки., и эффективное разрушение клеточных стенок этих микроорганизмов имеет решающее значение для извлечения высокопроизводительной метагеномной ДНК.. Из-за сложности проб почвы, невозможно использовать ферментативные методы (такие как лизоцим, фермент, разрушающий стены, фермент улитки) или измельчение жидким азотом, поскольку почва содержит различные металлионы или ингибирующие факторы, которые инактивируют пищеварительные ферменты., или наличие частиц песка в почве затрудняет измельчение жидким азотом.
3. Выход ДНК трудно контролировать..Образцы почвы будут иметь значительные изменения в количестве и разнообразии микроорганизмов из-за плодородия., неполноценность, высокое содержание влаги, сухость, или глубина отбора проб. В небольшом диапазоне образцов почвы, содержание ДНК часто варьируется в тысячи раз. Кроме того, определенные химические компоненты в почве, такие как соли тяжелых металлов и глинистые вещества, может вызвать снижение выхода ДНК.

Особенности наборов HiPure Soil DNA Kits от Magen:

1. Оптимизация:

   • В настоящее время, считается наиболее оптимизированным набором для извлечения ДНК почвы, обеспечение эффективных и надежных результатов.

2. Методы извлечения:

   • Использует комбинацию шлифования стеклянными шариками и методов термического ударного химического разрушения стен..
   • Совместимость с точечными вихревыми приборами., устранение необходимости в специализированном оборудовании для шлифования бортов.
   • Подходит для широкого спектра лабораторных условий..

3. Удаление гуминовой кислоты:

   • Включает раствор поглотителя, запатентованный адсорбент гуминовых кислот, разработанный Magen.
   • Эффективно удаляет различные загрязнители гуминовой кислоты из образцов почвы., повышение чистоты ДНК.

4. Удаление растворимого ингибитора:

   • Использует метод очистки на колонке с силикагелем, не содержащий спирта, для удаления растворимых солей металлов и других ингибирующих факторов из образцов почвы..

5. Универсальное применение:

   • Успешно извлекает ДНК из различных типов почв., в том числе лесная почва, мангровая почва, луга, сельскохозяйственные угодья, морская грязь, осадок, минеральная почва, и более.
   • Поддерживает быстрое и надежное выделение высококачественной геномной ДНК..

6. Производительность и время обработки:

   • Возможность обработки до 500 мг проб почвы в пределах 60 минуты, облегчение высокопроизводительных рабочих процессов.

7. ПЦР-совместимость:

   • Очищенная ДНК пригодна для ПЦР., ограничение пищеварения, и приложения для секвенирования нового поколения.

8. Эффективность и устойчивость:

   • Использует обратимые свойства связывания нуклеиновых кислот матрицы HiPure в сочетании с спин-колонка технология устранения соединений, ингибирующих ПЦР, таких как гуминовая кислота.
   • Сокращает количество пластиковых отходов и время работы, устраняя необходимость в органических экстрактах., возможность параллельной обработки нескольких образцов.

Технические характеристики

Процесс извлечения ДНК почвы:

1. Гомогенизация и лизис:
   • Образец почвы гомогенизируют для обеспечения однородности..
   • Затем он обрабатывается в специально разработанном буфере, содержащем детергент для эффективного лизиса бактерий., дрожжи, и образцы грибов.
2. Удаление загрязнений:
   • Наше запатентованное решение Absorber Solution эффективно удаляет гуминовую кислоту., белки, полисахариды, и другие примеси из лизированного образца.
3. Переплет и стирка:
   • Лизированный образец подвергается корректировке условий связывания и наносится на мини-колонку ДНК..
   • Два этапа быстрой промывки эффективно удаляют следы загрязнений., обеспечение чистоты.
4. Элюирование очищенной ДНК:
   • Чистая ДНК элюируется из колонки в буфере с низкой ионной силой..
   • Полученная очищенная ДНК имеет высокое качество и может быть непосредственно использована в последующих приложениях без необходимости дальнейшей очистки..

Преимущества

• Быстрый – несколько образцов могут быть извлечены в 40 минуты (после пищеварения)
• Высокая чистота – очищенная ДНК может быть непосредственно использована в различных последующих приложениях.
• Хорошая повторяемость – Технология кремнезема позволяет каждый раз получать идеальные результаты
• Высокое восстановление – ДНК можно восстановить на уровне PG.

Содержимое комплекта

Инструкции по хранению:

1. Абсорбер раствор:
   • По прибытии, хранить при 2-8°C.
   • Кратковременное хранение (вплоть до 24 недели) при комнатной температуре (15-25°С) не влияет на производительность.
2. Остальные компоненты комплекта:
   • Храните сухие компоненты при комнатной температуре. (15-25°С).
   • Стабилен как минимум 18 месяцев в таких условиях.

Данные эксперимента